动物细菌性传染病。本课题组以猪链球菌(Streptococcus suis, SS)、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Livestock-associated Staphylococcus aureus, LA-MRSA)、胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae, APP)、副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis, HPS)等重要动物源人兽共患病原菌和动物病原菌为主要研究对象，开展病原组学与防控技术研究。研究方向包括病原菌群体生物学与流行病学，病原组学与网络调控、病原菌免疫逃逸机制，诊断试剂、疫苗和药物创制等。

1. 病原菌群体基因组学与流行病学：（1）动物病原菌基因组进化与血清型多样性的遗传基础：以APP和HPS为主要研究对象，运用比较基因组学和计算生物学技术解析病原细菌基因组进化特征以及血清型和毒力多样性的分子基础。（2）人兽共患病原菌在猪肉生产供应链中的流行与传播机制：运用群体生物学、群体基因组学和流行病学技术，研究SS、LA-MRSA等动物源性人兽共患病原菌在不同生猪饲养、屠宰和零售模式下的感染、污染和传播规律。

2. 细菌病原组学与网络调控：（1）病原菌环境适应性与致病性的分子机制：病原菌适应体内外环境存活和繁殖是其致病和传播的前提，运用生物组学手段研究病原菌环境适应性和致病性的机制具有重要理论和现实意义。（2）猪链球菌细胞分裂机制：细胞分裂是细菌生存和生长最基本的生命活动，病原菌细胞分裂机制及其调控网络的解析也是发现新药物靶标的有效途径。以人兽共患猪链球菌为研究材料，构建突变体库，绘制蛋白质-蛋白质互作网络，鉴定细胞分裂相关蛋白质机器，解析其调控细胞分裂的分子机制和蛋白质结构，发掘药物靶标，基于靶标设计和筛选新的抗菌化合物。

3. 病原菌免疫逃逸机制：补体可以快速识别和清除病原菌，而病原菌也会进化出多种补体逃逸机制逃避补体的攻击。以SS为研究材料，高通量筛选SS的补体结合蛋白(complement binding proteins, CBPs)，解析CBP介导的猪链球菌补体逃逸机制。

4. 诊断试剂、疫苗和药物的设计与创制。