本课题组以猪链球菌、致病性大肠杆菌等人兽共患及动物病原细菌为研究对象，主要开展病原细菌的病原分子生物学、致病与免疫机制、分子流行病学研究、诊断方法及产品开发，以及新型抗菌药物和疫苗的开发。

（1）病原细菌致病及免疫机制研究：聚焦细菌蛋白分泌系统（Protein secretion system）、病原菌代谢途径、毒力基因表达调控等关键病原致病及病原-宿主相互作用途径，研究病原适应宿主体内环境、调控毒力因子表达以及与宿主代谢互作的分子机制。利用转座子插入测序技术（TraDis）、CRISPR、CRISPRi等技术挖掘新型毒力因子及致病机制。利用基因缺失小鼠模型、Dual RNA-seq等技术研究病原细菌与宿主相互作用，揭示病原细菌逃避宿主免疫杀伤及宿主抵御病原菌感染的机制。

（2）病原菌的分子流行病学研究：以重要动物病原和食源性病原细菌为研究对象，利用微生物学和全基因组测序（Whole Genome Sequencing）以及生物信息学等方法阐明其流行传播规律、跨种传播机制，揭示食源性病原菌在畜禽屠宰、加工、销售等环节的污染规律，研究其耐药性、致病性及潜在调控机制。

（3）病原菌的快速诊断技术与产品研发：开展动物细菌性传染病的诊断方法研究，开发LAMP、RPA等适用于临场检测的病原快速检测方法和产品。

（4）新型抗菌药物、疫苗、纳米抗体等开发：从不同来源的化合物库中筛选靶向细菌及特定蛋白靶标的前导化合物，并利用生物信息学技术开展新型抗菌化合物筛选。利用基因工程、抗体工程等技术开发新型抗体药物。利用细菌分泌系统开发新型活载体疫苗。利用细菌表面展示技术、突变体文库技术筛选新型纳米抗体。