个人简介

邓利，女，博士，副教授，博士生导师。2017年获华中农业大学理学博士学位；2017-2023年华中农业大学作物学流动站从事博士后研究，期间（2020-2021）赴美国普渡大学朱健康院士实验室进行访学研究。2024年9月至今，华中农业大学园艺林学学院副教授。目前，以第一（含并列）作者在Nature Plants（In press）、Genome Biology（2篇）、Autophagy和PLOS Genetics等期刊发表学术研究论文多篇；主持国家自然科学基金和省部级基金4项。

研究方向

表观/三维基因组学与林木发育可塑性调控。聚焦林木特有的发育生物学特性，如生长与休眠的季节性循环、营养生长时相转变、年周期性生殖以及木材形成等，综合运用遗传学、分子生物学、表观基因组学和三维基因组学等研究手段，系统解析林木发育相变过程染色质状态和基因转录重编程的特征和规律，挖掘调控发育可塑性的重要功能元件和基因，阐明其分子调控网络。

承担科研项目

1. 国家自然科学基金委员会, 青年科学基金项目, 拟南芥DNA去甲基化酶ROS1的全基因组结合特征与染色质可及性调控机制, 2025-01 至 2027-12, 在研, 主持

2. 华中农业大学自主科技创新基金, 杨树芽季节性生长和休眠的表观遗传调控机制研究, 2025-01至2027-12, 在研, 主持

3. 中国博士后科学基金会, 博士后国际交流计划派出项目，植物DNA去甲基化过程的三维基因组学研究, 2020-01 至 2021-01, 结题, 主持

4. 中国博士后科学基金会, 中国博士后基金面上项目，水稻节律表观基因组图谱绘制及组蛋白动态修饰机理研究, 2019-11 至 2023-06, 结题, 主持

代表性论文（*为通讯作者；^#为共同第一作者）

1. Deng L^#, Zhu G^#, Zhong W^#, Jia Z^#, Zhou Q, Zhang M, Si Z, Zhang Q, Liang Y, Du X, Mao Y, Li G, Shen J, Zhu JK*, Zhao L*. Occupancy-based mechanism is the chief mode of ROS1 function in preventing DNA hypermethylation. Nature Plants. 2026. In press.

2. Deng L^#, Zhou Q^#, Zhou J, Zhang Q, Jia Z, Zhu G, Cheng S, Cheng L, Yin C, Yang C, Shen J, Nie J, Zhu JK*, Li G* & Zhao L*^#. 3D organization of regulatory elements for transcriptional regulation in Arabidopsis. Genome Biology, 2023, 24(1):181. doi: 10.1186/s13059-023-03018-4.

3. Deng L^#, Gao B^#, Zhao L, Zhang Y, Zhang Q, Guo M, Yang Y, Wang S, Xie L, Lou H, Ma M, Zhang W, Cao Z, Zhang Q, McClung C, Li G, Li X*. Diurnal RNAPII-tethered chromatin interactions are associated with rhythmic gene expression in rice. Genome Biology, 2022, 23(1):7. doi: 10.1186/s13059-021-02594-7.

4. Zhang S^#*, Deng L^#, Zhao L, Wu C*. Genome-wide binding analysis of transcription factor Rice Indeterminate 1 reveals a complex network in controlling rice floral transition. Journal of Integrative Plant Biology, 2022, 64(9):1690-1705. doi: 10.1111/jipb.13325.

5. Zhao L^#, Deng L^#, Zhang Q, Jing X, Ma M, Yi B, Wen J, Ma C, Tu J, Fu T, Shen J*. Autophagy contributes to sulfonylurea herbicide tolerance via GCN2-independent regulation of amino acid homeostasis. Autophagy, 2018, 14(4):702-714. doi: 10.1080/15548627.2017.1407888.

6. Deng L, Li L, Zhang S, Shen J, Li S, Hu S, Peng Q, Xiao J, Wu C*. Suppressor of rid1 (SID1) shares common targets with RID1 on florigen genes to initiate floral transition in rice. PLOS Genetics, 2017, 13(2):e1006642. doi: 10.1371/journal.pgen.1006642.

7. 邓利，章清，朱光枫，钟文莹，赵伦^*. 植物ChIP-seq技术的革新与应用. 中国科学:生命科学.2026.In press.

专利

1. 一个调控水稻抽穗期基因SID1的功能及应用. 专利号:ZL201710094236.X.发明专利.吴昌银,邓利.授权公告日:2020年11月06日

2. 一种针对植物重要收获器官和营养组织的iATAC-seq开放染色质鉴定方法. 专利号:202511488046.7. 发明专利.赵伦,章清,钟文莹,朱光枫,邓利,沈金雄. 申请 

软件著作

1. 染色质可及性区域鉴定全流程自动化分析系统. 2025SR2169738. 赵伦,钟文莹,邓利,朱光枫,沈金雄. 2025

2. Automated RNA-seq Data Analysis Pipeline软件. 2025SR2163927. 赵伦,钟文莹,邓利,沈金雄. 2025