个人简介

邓利，女，博士，副教授，硕士生导师。2017年获华中农业大学理学博士学位；2017-2023年华中农业大学作物学流动站从事博士后研究，期间（2020-2021）赴美国普渡大学朱健康院士实验室进行访学研究。2024年9月至今，华中农业大学园艺林学学院副教授。目前，以第一（含并列）作者在Genome Biology（2篇）、Autophagy、PLOS Genetics和Journal of Integrative Plant Biology等期刊发表学术研究论文多篇；主持国家自然科学基金和省部级基金4项；授权国家发明专利1项。

研究方向

1. 林木发育可塑性的表观遗传基础。聚焦林木独特的发育生物学特性，如林木生长和休眠的季节性循环、营养生长时相转变和年周期生殖、木材形成等。这些生物学特性是环境线索与基因组相互作用，通过表观基因组指导基因转录形成。综合利用表观遗传学、多维基因组学、分子生物学、细胞生物学等手段，剖析林木发育相变过程染色质状态和基因转录重编程的特征和规律，挖掘调控发育可塑性的重要功能元件和基因，阐明其分子调控网络。

2. 林木进化的三维基因组结构基础。随着杨树、油松等林木全基因组测序的完成，裸子植物基因组庞大且具有巨大的基因间区，被子植物基因组相对较小。基因组大小的巨大差异，预示着基因组三维空间结构组织及调控方式的差别。通过构建裸子植物与被子植物基因组三维结构图谱，揭示3D结构特征和进化轨迹以及组织3D架构的结构蛋白在被子植物与裸子植物中的差别。

承担科研项目

1. 国家自然科学基金委员会, 青年科学基金项目, 拟南芥DNA去甲基化酶ROS1的全基因组结合特征与染色质可及性调控机制, 2025-01 至 2027-12, 在研, 主持

2. 华中农业大学自主科技创新基金, 杨树芽季节性生长和休眠的表观遗传调控机制研究, 2025-01至2027-12, 在研, 主持

3. 中国博士后科学基金会, 博士后国际交流计划派出项目，植物DNA去甲基化过程的三维基因组学研究, 2020-01 至 2021-01, 结题, 主持

4. 中国博士后科学基金会, 中国博士后基金面上项目，水稻节律表观基因组图谱绘制及组蛋白动态修饰机理研究, 2019-11 至 2023-06, 结题, 主持

代表性论文（*为通讯作者；^#为共同第一作者）

(1)   Deng L^#, Zhou Q^#, Zhou J, Zhang Q, Jia Z, Zhu G, Cheng S, Cheng L, Yin C, Yang C, Shen J, Nie J, Zhu JK*, Li G* & Zhao L*^#. 3D organization of regulatory elements for transcriptional regulation in Arabidopsis. Genome Biology, 2023, 24(1):181. doi: 10.1186/s13059-023-03018-4.

(2)   Deng L^#, Gao B^#, Zhao L, Zhang Y, Zhang Q, Guo M, Yang Y, Wang S, Xie L, Lou H, Ma M, Zhang W, Cao Z, Zhang Q, McClung C, Li G, Li X*. Diurnal RNAPII-tethered chromatin interactions are associated with rhythmic gene expression in rice. Genome Biology, 2022, 23(1):7. doi: 10.1186/s13059-021-02594-7.

(3)   Zhang S^#*, Deng L^#, Zhao L, Wu C*. Genome-wide binding analysis of transcription factor Rice Indeterminate 1 reveals a complex network in controlling rice floral transition. Journal of Integrative Plant Biology, 2022, 64(9):1690-1705. doi: 10.1111/jipb.13325.

(4)   Zhao L^#, Deng L^#, Zhang Q, Jing X, Ma M, Yi B, Wen J, Ma C, Tu J, Fu T, Shen J*. Autophagy contributes to sulfonylurea herbicide tolerance via GCN2-independent regulation of amino acid homeostasis. Autophagy, 2018, 14(4):702-714. doi: 10.1080/15548627.2017.1407888.

(5)   Deng L, Li L, Zhang S, Shen J, Li S, Hu S, Peng Q, Xiao J, Wu C*. Suppressor of rid1 (SID1) shares common targets with RID1 on florigen genes to initiate floral transition in rice. PLOS Genetics, 2017, 13(2):e1006642. doi: 10.1371/journal.pgen.1006642.

授权专利

吴昌银, 邓利. 一个调控水稻抽穗期基因SID1的功能及应用, 专利号：ZL201710094236.X, 授权公告日：2020年11月06日