👨‍🔬 个人简介：辗转千山，归来仍是种田人

我是刘海军，华中农业大学生命科学技术学院教授、湖北洪山实验室研究员。我的科研轨迹大概是一个关于“探索与回归”的故事：2017年在母校华中农业大学拿下遗传学博士学位后，我先在作物遗传改良全国重点实验室（受“博新计划”资助）开启了博士后生涯。2019年，带着对植物科学更深层的执念，远赴奥地利科学院孟德尔研究所（获欧盟地平线2020与玛丽·居里学者加持）继续深造。2024年初，我有幸受聘为崖州湾国家实验室主任科学家，并于2026年3月，带着满腔热血和几箱科研灵感，回到了母校华中农大的怀抱。

简单来说，我是一个懂点植物遗传学的极客。我的研究穿梭于植物基因组学、群体遗传学、基因编辑、人工智能与合成生物学之间。目前，我把所有的跨学科技能点都点在了“玉米基因组育种与合成设计”上。

🧬 研究方向与当前成果：把复杂生命数据变成农业黑科技

过去这些年，我和团队小伙伴们致力于让科研成果不仅留在纸面上，更要长在泥土里。我们主要“折腾”了以下几件事：

• 给玉米群体做一次遗传普查：参与多个玉米新型多亲本群体构建，系统解析了玉米产量、株型和适应性等诸多重要性状背后的复杂遗传密码。

• 搭建植物基因编辑流水线：主导开发了高通量、低成本的玉米基因编辑平台。克隆了多个关键基因，还成功拿到了专利转化，让科研成果真正落地产业化。

• 探索基因组的“暗物质”：在非编码RNA调控、功能小肽挖掘以及多组学环境适应性分析上，我们持续做了一系列（至少当时看来）还挺酷的联合分析。

• 给甜玉米做“基因体检”：构建了甜玉米多维组学数据库，挖出了决定玉米“好不好吃”的关键风味调控基因，还顺手建了个预测模型，致力于让未来的玉米更甜更香、高产同时还更懂你的胃。

学术名片：以第一或通讯作者（含共同）在 Nature Genetics, Molecular Plant, Genome Biology, Plant Cell, Annual Review of Plant Biology, Nature Plants 等学术期刊上发表了20余篇论文。其中一项工作荣幸入选“年度中国生物信息学十大算法和工具”。此外，还获批了14项国家发明专利和1项软件著作权。

🚀 关于我们团队：一群在代码和泥土间雀跃的人

• 追求宗旨：Translating foundational biology into novel strategies for sustainable agriculture.

• 行事原则：志存高远（Aim high）、着眼前沿（Dig deep）、脚踏实地（Stay grounded）。我们致力于深究真正的科学问题，当然，偶尔也会凑凑热点。

• 日常画风：左手敲代码挖数据（Dry Lab / 干实验），右手拿移液枪做克隆（Wet Lab / 湿实验），还常戴上草帽下地看玉米（Dirty Lab / “脏”实验）。我们是一个在电脑前、实验室和玉米地之间无缝切换的三栖团队。

💡 英雄帖：欢迎各路神仙来撩！

无论你是想做本科毕设、攻读硕博、寻找博后岗位，还是纯粹路过想围观一下，只要你满足以下条件：

1. 自带内在驱动力（哪怕只是三分钟的强烈好奇心）；

2. 不怕折腾，愿意和我们一起在“干、湿、脏”实验里摸爬滚打；

3. 有一技之长，或者至少有一颗“我能学到你怀疑人生”的决心。

我们都热切欢迎！不限背景（跨界更佳），不限形式，不限期限。

📩 感兴趣？请随时发邮件联系我们，并随信聊聊：

• 你为什么对我们这个团队感兴趣？

• 你对团队有什么期待？

• Bonus：分享一个你最近在琢磨的科研问题（别怕疯狂或离谱：We love brilliant and stupid ideas equally!）

期待你的来信，让我们一起种出点不一样的未来！

发表论文（本人第一或通讯作者，含共同）：

21.   Fu J, Jia A^#, Wang H, Liu H-J^*. JanusX: an integrated and high-performance platform for scalable genome-wide association studies and genomic selection. bioRxiv 2026.1.20.700366. [Under review]

20.   Jia A^#, Yang Y^#, Jin M, Zhan J, Zhang M, Xu S, Li Z, Tao K, Yu Y, Feng L, Fu J, Li W, Zhang P, Liu Y, Xu J, Wang S, Zhang Z, Wang H^*, Yan J^*, Liu H-J^*. Deep learning reveals a microprotein atlas in maize and uncovers novel regulators of seed amino acid metabolism. bioRxiv 2025.11.14.688563. [Under review]

19.   Li K^#, Yu Y^#, Yan S^#, Li W^#, Xu J, Li G, Li W, Liu J, Qi X, Huang W, Zhang Q, Kong Q, Xiao Y, Zhang N, Luo J, Chen L, Zhu W, Wen T, Xie L, Li Y, Lu W, Li C, Gui S, Xiao Y, Yang N, Zhuo L, Fernie AR, Liu H-J^*, Hu J^*, Yan J^*. Genetic basis of flavor complexity in sweet corn. Nat Genet, 2025, 57(11):2842–2851

18.   Liu H-J^*, Fu J, Xu S, Nordborg M. Potential Synthetic Associations Created by Epistasis. Genome Biol, 2025, 26(1):336.

17.   Igolkina A^#, Vorbrugg S^#, Rabanal F^#, Liu H-J^#, Ashkenazy H^#, Kornienko A^#, Fitz J, Collenberg M, Kubica C, Morales M. A, Jaegle B, Wrightsman T, Voloshin V, Llaca V, Nizhynska V, Reichardt I, Lanz C, Bemm F, Flood J. P, Nemomissa S, Hancock A, Guo Y-L, Kersey P, Weigel D^*, Nordborg M^*. Towards an unbiased characterization of genetic polymorphism. Nat Genet, 2025, 57(9):2289-2301.

16.   Wang Y^#, Zhang P^#, Xiao Y^#, Liu H-J^*, Ding J, Qu Y, Gao J, Li W, Guo X, Wang A, Li W, Chen G, Shi C-Q, Liu J, Liu JX, Zhang Jian, Xu J, Zhang H, Zhang Jianan, Zhao J, Tang J, Wang H^*, Zhang Z^*, Chen Z^*, Yan J^*. GAIN: a long-term maize germplasm innovation plan. Mol Plant, 2025; 18(6):915-919.

15.   Wei W^#, Gui S^#, Yang J, Garrison E, Yan J, Liu H-J^*. wgatools: an ultrafast toolkit for manipulating whole genome alignments. Bioinformatics, 2025; 41(4): btaf132.

14.   Liu H-J^*, Liu J^*, Zhai Z, Dai M, Tian F, Wu Y, Tang J, Lu Y, Wang H, Jackson D, Yang X, Qin F, Xu M, Fernie AR, Zhang Z, Yan J^*. Maize2035: A decadal vision for intelligent maize breeding. Mol Plant, 2025; 18(2):313-332.

13.   Liang Y^#, Liu H-J^#, Yan J^*, Tian F^*. Natural Variation in Crops: Realized Understanding, Continuing Promise. Annu Rev Plant Biol, 2021, 72:357-385.

12.   Wang S^#, Tian L^#, Liu H^#, Li X, Zhang J, Chen X, Jia X, Zheng X, Wu S, Chen Y, Yan J^*, Wu L^*. Large-Scale Discovery of Non-conventional Peptides in Maize and Arabidopsis through an Integrated Peptidogenomic Pipeline. Mol Plant, 2020, 13(7):1078-1093.

11.   Liu H-J^#, Wang X^#, Xiao Y^#, Luo J^#, Qiao F^#, Yang W^#, Zhang R^#, Meng Y, Sun J, Yan S, Peng Y, Niu L, Jian L, Song W, Yan J, Li C, Zhao Y, Liu Y, Warburton ML, Zhao J^*, Yan J^*. CUBIC: an atlas of genetic architecture promises directed maize improvement. Genome Biol. 2020, 21(1):20.

10.   Liu H-J^#, Jian L^#, Xu J^#, Zhang Q, Zhang M, Jin M, Peng Y, Yan J, Han B, Liu J, Gao F, Liu X, Huang L, Wei W, Ding Y, Yang X, Li Z, Zhang M, Sun J, Bai M, Song W, Chen H, Sun X, Li W, Lu Y, Liu Y, Zhao J, Qian Y, Jackson D, Fernie AR, Yan J^*. High-Throughput CRISPR/Cas9 Mutagenesis Streamlines Trait Gene Identification in Maize. Plant Cell, 2020, 32(5):1397-1413.

09.   Sun J^#, Liu H^#, Liu J, Cheng S, Peng Y, Zhang Q, Yan J, Liu H-J^*, Chen L-L^*. CRISPR-Local: a local single-guide RNA (sgRNA) design tool for non-reference plant genomes. Bioinformatics, 2019, 35(14):2501-2503.

08.   Liu H-J^*, Yan J^*. Crop genome-wide association study: A harvest of biological relevance. Plant J, 2019, 97: 8-18.

07.   Chen Q^#, Han Y^#, Liu H^#, Wang X, Sun J, Zhao B, Li W, Tian J, Liang Y, Yan J, Yang X^*, Tian F^*. Genome-Wide Association Analyses Reveal the Importance of Alternative Splicing in Diversifying Gene Function and Regulating Phenotypic Variation in Maize. Plant Cell, 2018, 30(7):1404-1423.

06.   Liu H^#, Luo X^#, Niu L, Xiao Y, Chen L, Liu J, Wang X, Jin M, Li W, Zhang Q, Yan J^*. Distant eQTLs and Non-coding Sequences Play Critical Roles in Regulating Gene Expression and Quantitative Trait Variation in Maize. Mol Plant, 2017, 10(3):414-426.

05.   Xiao Y^#, Liu H^#, Wu L^#, Warburton M, Yan J^*. Genome-wide Association Studies in Maize: Praise and Stargaze. Mol Plant, 2017, 10(3):359-374.

04.   Liu H^*, Yan J^*. Rice domestication: An imperfect African solution. Nat Plants, 2017, 3:17083. [Comment]

03.   Jin M^#, Liu H^#, He C^#, Fu J^*, Xiao Y, Wang Y, Xie W, Wang G, Yan J^*. Maize pan-transcriptome provides novel insights into genome complexity and quantitative trait variation. Sci Rep, 2016, 6:18936.

02.   Liu H, Wang F, Xiao Y, Tian Z, Wen W, Zhang X, Chen X, Liu N, Li W, Liu L, Liu J, Yan J, Liu J^*. MODEM: multi-omics data envelopment and mining in maize. Database (Oxford), 2016, 2016: baw117.

01.   Liu H^#, Wang X^#, Warburton ML, Wen W, Jin M, Deng M, Liu J, Tong H, Pan Q, Yang X, Yan J^*. Genomic, Transcriptomic, and Phenomic Variation Reveals the Complex Adaptation of Modern Maize Breeding. Mol Plant, 2015, 8(6):871-84.