目前已发表的HiC数据已包含人，老鼠，果蝇，线虫和酵母等多个模式生物，这些数据为不同生物染色体的结构比较提供很有价值的信息。HiC数据目前已经观测到的最显著的全局特征是全染色体heatmap上的棋盘格结构，由此推出染色体存在A和B两种类型的构成的区隔（compartment），分别对应活跃和抑制性染色体。我们发现在更大的基因组中，区隔现象更显著，这可能是出于更大的基因组对转录调控中元件搜索效率的要求。反过来说，在较小的基因组中，不需要这种区隔也足以保证顺式调控作用的效率。

HiC数据的另一个显著特征是拓扑结构域（TADs）的存在。现有方法鉴别出的TADs相互之间是并列关系，而实际观察发现TADs存在层次性，即一个高层次的大TAD内部包含若干小TAD，而这种层次关系是目前方法无法分辨的。我们正基于之前发展的一个方法扩展到层次性TAD的鉴别。