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Li Li

Supervisor of Doctorate Candidates
Supervisor of Master's Candidates
Name (Simplified Chinese):Li Li
Name (English):Li Li
Name (Pinyin):Li Li
Professional Title:Professor
Status:Employed
Education Level:With Certificate of Graduation for Doctorate Study
Degree:Doctoral Degree in Science
E-Mail:
Alma Mater:中国科学院高能物理研究所
Teacher College:College of Informatics
School/Department:College of Informatics
Discipline:bioinformatics    
Other Contact Information:

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Research Focus
Current position: Home > Research Focus
三维基因组学

目前已发表的HiC数据已包含人,老鼠,果蝇,线虫和酵母等多个模式生物,这些数据为不同生物染色体的结构比较提供很有价值的信息。HiC数据目前已经观测到的最显著的全局特征是全染色体heatmap上的棋盘格结构,由此推出染色体存在A和B两种类型的构成的区隔(compartment),分别对应活跃和抑制性染色体。我们发现在更大的基因组中,区隔现象更显著,这可能是出于更大的基因组对转录调控中元件搜索效率的要求。反过来说,在较小的基因组中,不需要这种区隔也足以保证顺式调控作用的效率。

HiC数据的另一个显著特征是拓扑结构域(TADs)的存在。现有方法鉴别出的TADs相互之间是并列关系,而实际观察发现TADs存在层次性,即一个高层次的大TAD内部包含若干小TAD,而这种层次关系是目前方法无法分辨的。我们正基于之前发展的一个方法扩展到层次性TAD的鉴别。